Al 2025 se han rehabilitado, restaurado y protegido ecosistemas marino-costeros y dulce-acuícolas.

Por medio del Proyecto Rehabilitación Ecológica del Ecosistema de Manglar en el Humedal Estero Puntarenas y Manglares Asociados, financiado por donantes a través de la organización Conservación Internacional, el Sinac a través del programa nacional de humedales y el ACOPAC elaboran la Propuesta para la restauración ecológica en sitios con pérdida de manglar y alto nivel de sedimentación dentro del Humedal Estero Puntarenas y Manglares Asociados (HEPyMA) como respuesta al informe No. DFOE AE-IF-14-2011 de la Contraloría General de la República. Con la colaboración técnica del CATIE se avanza en la mejora de las condiciones habilitadoras en áreas degradadas de manglar en el HEPyMA con el objetivo de ayudar al proceso ecológico para la restauración del ecosistema. Por lo tanto se trabaja en campo en dos sitios: Sitio 2 conocido como el área circundante al Río Seco y Sitio 3, Río Aranjuez. Ambas áreas abarcan 177 ha con procesos de restauración iniciados. Segun informe se avance consiste en dar seguimiento a lo planteado en la propuesta para la restauración ecológica: Sitios 2 y 3 – Ríos Seco y Aranjuez Estos sitios comparten características en términos de su uso agropecuario actual, de la acumulación de sedimento, y la completa alteración de su hidrología histórica y actual, aunque la magnitud de la alteración humana es mayor en el Río Aranjuez. Por esta razón, se consideran en conjunto y se proponen medidas generales de intervención, además de una acción específica para la desembocadura del Río Aranjuez. En general, en ambos sitios se deben: 1) realizar acciones de nivelación topográfica de la superficie para ajustar la gradiente y favorecer la dinámica hidrológica en los sitios; 2) la apertura de canales nuevos en las áreas previamente utilizadas para la siembra de caña de azúcar y el desazolve de canales existentes dentro del manglar aledaño; y, finalmente, la siembra directa de semillas/propágulos de especies de mangle. En el río Aranjuez, además, será necesario remover la necromasa acumulada en el canal actual del río y sus bordes para favorecer los flujos hidrológicos. A continuación describimos en mayor detalle estas intervenciones, con detalles específicos para cada sitio, complementados con el diseño bidimensional de los canales, una descripción de los rendimientos del trabajo de campo y las características del trazado geográfico mismo de los mismos (Anexos 2, 3, y 4) del documento de propuesta técnica. El área de intervención es 154,95 hectáreas, distribuidos de la siguiente manera:

Sitio 2A (sector este del río Seco) = 22,63 ha
Sitio 2B (sector oeste del río Seco) = 7,25 ha
Total Sitio 2 = 29,88 ha

Sitio 3A (sector este del río Aranjuez) = 64,85 ha
Sitio 3B (sector oeste del río Aranjuez) = 60,22 ha
Total Sitio 3 = 125,07 ha

Actualmente, SINAC dispone de una propuesta de Proyecto Regional CCAD/GIZ para la certificación del carbono en 587 hectáreas de manglar, mediante la rehabilitación de esta especie en al menos 10 unidades de manejo en un periodo de 30 años. Para el periodo hasta 2020, se pretenden restaurar las primeras 30,64 ha con un proyecto de pilotaje en implementación. También en el área del Humedal Nacional Térraba Sierpe (HNTS) pero con el apoyo del Fondo Francés a través del proyecto Manglares Costa Rica Benín, se restaurarán 2 ha en su fase de pilotaje al 2020. Para un total de 32,64 ha de manglar restaurado en el HNTS. Como parte del mismo proyecto de la cooperación francesa se está implementando la restauración del manglar en Cuajiniquil (7 ha). El avance de esta meta en el periodo anterior se reportó en un 25.30% aunque se debe aclarar que el dato no fue certero. En la actualidad se cuenta un proceso de restauración de 39,64 hectáreas.